# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 17 8 6 3 15:7 8 30
2 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 17 8 6 3 17:11 6 30
3 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 17 7 9 1 11:5 6 30
4 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 17 7 6 4 13:10 3 27
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 17 6 7 4 9:5 4 25
6 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 17 4 6 6 7:11 -4 18
7 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 17 4 5 8 11:17 -6 17
8 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 17 4 5 7 10:11 -1 17
9 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 17 2 10 5 5:11 -6 16
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 17 2 4 11 3:13 -10 10
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.