# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 17 13 2 2 41:16 25 41
2 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 18 11 3 4 31:17 14 36
3 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 18 9 5 4 33:22 11 32
4 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 17 9 2 6 39:21 18 29
5 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 18 7 3 8 22:25 -3 24
6 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 17 6 5 6 29:22 7 23
7 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 18 6 3 9 26:25 1 21
8 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 17 5 5 7 22:21 1 20
9 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 18 2 10 6 14:21 -7 16
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 17 2 1 14 13:38 -25 7
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.