1. Spieltag 13.08.1999 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 0:0 gelb-rote Karte
3. Spieltag 29.08.1999 FC St. Pauli - VfL Bochum 0:0
4. Spieltag 10.09.1999 TeBe Berlin - FC St. Pauli 2:0
5. Spieltag 17.09.1999 FC St. Pauli - Bor. Mönchengladbach 0:2
8. Spieltag 15.10.1999 Fortuna Köln - FC St. Pauli 2:0
9. Spieltag 24.10.1999 FC St. Pauli - 1. FSV Mainz 05 2:2
10. Spieltag 29.10.1999 1. FC Nürnberg - FC St. Pauli 2:2 Tor
11. Spieltag 05.11.1999 FC St. Pauli - Chemnitzer FC 0:0
12. Spieltag 19.11.1999 Hannover 96 - FC St. Pauli 1:2 gelbe Karte
13. Spieltag 28.11.1999 FC St. Pauli - Karlsruher SC 3:1
14. Spieltag 05.12.1999 Alemannia Aachen - FC St. Pauli 3:1 gelbe Karte
15. Spieltag 12.12.1999 FC St. Pauli - Energie Cottbus 1:0 Tor
16. Spieltag 15.12.1999 FC St. Pauli - 1. FC Köln 1:2
17. Spieltag 19.12.1999 Rot-Weiß Oberhausen - FC St. Pauli 2:2 gelbe Karte
19. Spieltag 20.02.2000 FC St. Pauli - Stuttgarter Kickers 2:1 gelbe Karte
20. Spieltag 25.02.2000 VfL Bochum - FC St. Pauli 2:0
21. Spieltag 05.03.2000 FC St. Pauli - TeBe Berlin 1:1
22. Spieltag 10.03.2000 Bor. Mönchengladbach - FC St. Pauli 2:1
23. Spieltag 17.03.2000 FC St. Pauli - Waldhof Mannheim 1:1
24. Spieltag 24.03.2000 Kickers Offenbach - FC St. Pauli 0:1 gelbe Karte
26. Spieltag 07.04.2000 1. FSV Mainz 05 - FC St. Pauli 1:1 gelbe Karte
27. Spieltag 14.04.2000 FC St. Pauli - 1. FC Nürnberg 0:0
28. Spieltag 24.04.2000 Chemnitzer FC - FC St. Pauli 1:3 Tor
29. Spieltag 28.04.2000 FC St. Pauli - Hannover 96 0:2
30. Spieltag 05.05.2000 Karlsruher SC - FC St. Pauli 0:0
31. Spieltag 12.05.2000 FC St. Pauli - Alemannia Aachen 2:1
32. Spieltag 18.05.2000 Energie Cottbus - FC St. Pauli 3:2 Tor
33. Spieltag 21.05.2000 1. FC Köln - FC St. Pauli 6:3
34. Spieltag 26.05.2000 FC St. Pauli - Rot-Weiß Oberhausen 1:1