| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Energie Cottbus II | - | FC Oberneuland | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 20.12.2008 | Energie Cottbus II | - | Chemnitzer FC | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 21.02.2009 | Hannover 96 II | - | Energie Cottbus II | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2009 | Energie Cottbus II | - | Hallescher FC | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 21.03.2009 | Hamburger SV II | - | Energie Cottbus II | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 28.03.2009 | Energie Cottbus II | - | Hertha BSC II | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 05.04.2009 | VfL Wolfsburg II | - | Energie Cottbus II | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 19.04.2009 | Energie Cottbus II | - | VFC Plauen | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 26.04.2009 | Sachsen Leipzig | - | Energie Cottbus II | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 02.05.2009 | Energie Cottbus II | - | VfB Lübeck | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 08.05.2009 | SV Wilhelmshaven | - | Energie Cottbus II | 1:0 |  |
|||
| 30. Spieltag | 16.05.2009 | Energie Cottbus II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 31. Spieltag | 19.05.2009 | Hansa Rostock II | - | Energie Cottbus II | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 23.05.2009 | Altona 93 | - | Energie Cottbus II | 2:2 | ||||
| 34. Spieltag | 07.06.2009 | FC Oberneuland | - | Energie Cottbus II | 2:0 |
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