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| 21.02.2009 | 13:30 | Holstein Kiel | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 (0:0) | |
| 14:00 | Hannover 96 II | - | Energie Cottbus II | 2:1 (1:1) | ||
| 22.02.2009 | 13:30 | Hallescher FC | - | VfB Lübeck | 0:0 (0:0) | |
| 11.03.2009 | 19:00 | SV Babelsberg 03 | - | SV Wilhelmshaven | 4:0 (1:0) | |
| 18.03.2009 | 16:00 | FC Oberneuland | - | Türkiyemspor Berlin | 2:2 (2:1) | |
| 01.04.2009 | 19:00 | Chemnitzer FC | - | Altona 93 | 1:1 (1:1) | |
| 10.04.2009 | 14:00 | Hamburger SV II | - | Sachsen Leipzig | 4:0 (1:0) | |
| 15.04.2009 | 17:00 | Hertha BSC II | - | VFC Plauen | 1:0 (0:0) | |
| 22.04.2009 | 14:00 | Hansa Rostock II | - | VfL Wolfsburg II | 2:2 (1:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Holstein Kiel | 19 | 12 | 5 | 2 | 31:15 | 16 | 41 |
| 2 |
|
1. FC Magdeburg | 19 | 12 | 4 | 3 | 30:14 | 16 | 40 |
| 3 |
|
Hallescher FC | 19 | 10 | 9 | 0 | 22:8 | 14 | 39 |
| 4 |
|
SV Babelsberg 03 | 19 | 10 | 8 | 1 | 24:8 | 16 | 38 |
| 5 |
|
SV Wilhelmshaven | 19 | 8 | 6 | 5 | 27:24 | 3 | 30 |
| 6 |
|
Hansa Rostock II | 19 | 8 | 3 | 8 | 33:30 | 3 | 27 |
| 7 |
|
Hannover 96 II | 19 | 8 | 3 | 8 | 26:24 | 2 | 27 |
| 8 |
|
VfL Wolfsburg II | 19 | 7 | 5 | 7 | 25:19 | 6 | 26 |
| 9 |
|
Chemnitzer FC | 19 | 6 | 6 | 7 | 28:24 | 4 | 24 |
| 10 |
|
VFC Plauen | 19 | 6 | 6 | 7 | 25:26 | -1 | 24 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 19 | 6 | 5 | 8 | 19:21 | -2 | 23 |
| 12 |
|
Altona 93 | 19 | 6 | 5 | 8 | 25:31 | -6 | 23 |
| 13 |
|
Hertha BSC II | 19 | 6 | 4 | 9 | 19:32 | -13 | 22 |
| 14 |
|
VfB Lübeck | 19 | 4 | 9 | 6 | 19:20 | -1 | 21 |
| 15 |
|
Türkiyemspor Berlin | 19 | 6 | 3 | 10 | 19:27 | -8 | 21 |
| 16 |
|
Hamburger SV II | 19 | 5 | 5 | 9 | 23:25 | -2 | 20 |
| 17 |
|
Sachsen Leipzig | 19 | 2 | 6 | 11 | 8:30 | -22 | 12 |
| 18 |
|
Energie Cottbus II | 19 | 1 | 4 | 14 | 11:36 | -25 | 7 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
|
# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
