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| 19.12.2008 | 19:00 | Türkiyemspor Berlin | - | Hansa Rostock II | 0:1 (0:1) | |
| 19:00 | Sachsen Leipzig | - | Hallescher FC | 0:4 (0:1) | ||
| 19:00 | 1. FC Magdeburg | - | Hannover 96 II | 2:1 (1:0) | ||
| 20.12.2008 | 14:00 | VFC Plauen | - | Hamburger SV II | 3:2 (1:1) | |
| 14:00 | VfB Lübeck | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 (1:1) | ||
| 14:00 | SV Wilhelmshaven | - | Holstein Kiel | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Energie Cottbus II | - | Chemnitzer FC | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Altona 93 | - | FC Oberneuland | 1:0 (1:0) | ||
| 25.02.2009 | 18:00 | VfL Wolfsburg II | - | Hertha BSC II | 1:2 (1:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Holstein Kiel | 18 | 12 | 4 | 2 | 30:14 | 16 | 40 |
| 2 |
|
1. FC Magdeburg | 18 | 12 | 3 | 3 | 29:13 | 16 | 39 |
| 3 |
|
Hallescher FC | 18 | 10 | 8 | 0 | 22:8 | 14 | 38 |
| 4 |
|
SV Babelsberg 03 | 18 | 9 | 8 | 1 | 20:8 | 12 | 35 |
| 5 |
|
SV Wilhelmshaven | 18 | 8 | 6 | 4 | 27:20 | 7 | 30 |
| 6 |
|
Hansa Rostock II | 18 | 8 | 2 | 8 | 31:28 | 3 | 26 |
| 7 |
|
VfL Wolfsburg II | 18 | 7 | 4 | 7 | 23:17 | 6 | 25 |
| 8 |
|
Hannover 96 II | 18 | 7 | 3 | 8 | 24:23 | 1 | 24 |
| 9 |
|
VFC Plauen | 18 | 6 | 6 | 6 | 25:25 | 0 | 24 |
| 10 |
|
Chemnitzer FC | 18 | 6 | 5 | 7 | 27:23 | 4 | 23 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 18 | 6 | 4 | 8 | 17:19 | -2 | 22 |
| 12 |
|
Altona 93 | 18 | 6 | 4 | 8 | 24:30 | -6 | 22 |
| 13 |
|
VfB Lübeck | 18 | 4 | 8 | 6 | 19:20 | -1 | 20 |
| 14 |
|
Türkiyemspor Berlin | 18 | 6 | 2 | 10 | 17:25 | -8 | 20 |
| 15 |
|
Hertha BSC II | 18 | 5 | 4 | 9 | 18:32 | -14 | 19 |
| 16 |
|
Hamburger SV II | 18 | 4 | 5 | 9 | 19:25 | -6 | 17 |
| 17 |
|
Sachsen Leipzig | 18 | 2 | 6 | 10 | 8:26 | -18 | 12 |
| 18 |
|
Energie Cottbus II | 18 | 1 | 4 | 13 | 10:34 | -24 | 7 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
