# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 28 18 7 3 46:20 26 61
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 28 16 11 1 34:14 20 59
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 28 15 10 3 35:16 19 55
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 28 15 6 7 38:25 13 51
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 28 13 6 9 46:28 18 45
6 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 28 11 7 10 34:42 -8 40
7 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 28 11 6 11 37:32 5 39
8 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 28 10 7 11 39:43 -4 37
9 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 28 10 6 12 43:47 -4 36
10 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 28 7 14 7 30:29 1 35
11 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 28 8 10 10 41:37 4 34
12 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 28 8 10 10 44:46 -2 34
13 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 28 8 8 12 35:33 2 32
14 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 28 8 7 13 29:34 -5 31
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 28 7 6 15 26:41 -15 27
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 28 7 5 16 33:55 -22 26
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 28 5 9 14 20:42 -22 24
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 28 4 7 17 19:45 -26 19
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.