# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 29 19 7 3 48:20 28 64
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 29 17 11 1 36:15 21 62
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 29 15 10 4 36:18 18 55
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 29 15 6 8 40:29 11 51
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 29 14 6 9 49:29 20 48
6 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 29 12 6 11 40:32 8 42
7 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 29 11 7 11 40:43 -3 40
8 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 29 11 7 11 34:45 -11 40
9 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 29 11 6 12 47:49 -2 39
10 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 29 8 14 7 32:29 3 38
11 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 29 8 10 11 42:40 2 34
12 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 29 8 10 11 44:47 -3 34
13 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 29 9 7 13 30:34 -4 34
14 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 29 8 8 13 35:35 0 32
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 29 8 6 15 28:41 -13 30
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 29 7 5 17 33:57 -24 26
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 29 5 9 15 20:44 -24 24
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 29 4 7 18 19:46 -27 19
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.