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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Holstein Kiel | 15 | 12 | 2 | 1 | 29:9 | 20 | 38 |
| 2 |
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Hallescher FC | 15 | 11 | 4 | 0 | 22:6 | 16 | 37 |
| 3 |
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Hannover 96 II | 15 | 9 | 2 | 4 | 25:11 | 14 | 29 |
| 4 |
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SV Babelsberg 03 | 15 | 6 | 7 | 2 | 15:10 | 5 | 25 |
| 5 |
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VfL Wolfsburg II | 14 | 6 | 4 | 4 | 21:13 | 8 | 22 |
| 6 |
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1. FC Magdeburg | 14 | 6 | 3 | 5 | 17:17 | 0 | 21 |
| 7 |
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Chemnitzer FC | 15 | 5 | 3 | 7 | 26:23 | 3 | 18 |
| 8 |
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Hamburger SV II | 15 | 5 | 2 | 8 | 20:19 | 1 | 17 |
| 9 |
|
FC Oberneuland | 15 | 4 | 4 | 7 | 12:16 | -4 | 16 |
| 10 |
|
SV Wilhelmshaven | 14 | 4 | 3 | 7 | 21:26 | -5 | 15 |
| 11 |
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Türkiyemspor Berlin | 15 | 4 | 3 | 8 | 15:22 | -7 | 15 |
| 12 |
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VFC Plauen | 14 | 2 | 7 | 5 | 15:18 | -3 | 13 |
| 13 |
|
Hertha BSC II | 14 | 3 | 4 | 7 | 15:27 | -12 | 13 |
| 14 |
|
Hansa Rostock II | 14 | 3 | 3 | 8 | 19:24 | -5 | 12 |
| 15 |
|
VfB Lübeck | 14 | 1 | 9 | 4 | 10:15 | -5 | 12 |
| 16 |
|
Sachsen Leipzig | 14 | 2 | 5 | 7 | 10:19 | -9 | 11 |
| 17 |
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Energie Cottbus II | 14 | 2 | 3 | 9 | 11:23 | -12 | 9 |
| 18 |
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Altona 93 | 15 | 2 | 3 | 10 | 18:34 | -16 | 9 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
