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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SV Babelsberg 03 | 14 | 9 | 3 | 2 | 21:8 | 13 | 30 |
| 2 |
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1. FC Magdeburg | 15 | 9 | 3 | 3 | 23:12 | 11 | 30 |
| 3 |
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Hansa Rostock II | 15 | 8 | 3 | 4 | 28:25 | 3 | 27 |
| 4 |
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Hertha BSC II | 15 | 8 | 3 | 4 | 19:18 | 1 | 27 |
| 5 |
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VfL Wolfsburg II | 15 | 8 | 2 | 5 | 28:16 | 12 | 26 |
| 6 |
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VfB Lübeck | 15 | 7 | 5 | 3 | 22:14 | 8 | 26 |
| 7 |
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Holstein Kiel | 14 | 7 | 5 | 2 | 19:11 | 8 | 26 |
| 8 |
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Hallescher FC | 14 | 6 | 7 | 1 | 14:9 | 5 | 25 |
| 9 |
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SV Wilhelmshaven | 15 | 7 | 4 | 4 | 19:17 | 2 | 25 |
| 10 |
|
VFC Plauen | 15 | 6 | 3 | 6 | 29:29 | 0 | 21 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 14 | 5 | 3 | 6 | 18:18 | 0 | 18 |
| 12 |
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Altona 93 | 14 | 5 | 2 | 7 | 15:23 | -8 | 17 |
| 13 |
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Chemnitzer FC | 14 | 3 | 7 | 4 | 16:17 | -1 | 16 |
| 14 |
|
Hamburger SV II | 14 | 3 | 6 | 5 | 15:16 | -1 | 15 |
| 15 |
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Türkiyemspor Berlin | 14 | 4 | 3 | 7 | 13:19 | -6 | 15 |
| 16 |
|
Hannover 96 II | 14 | 3 | 4 | 7 | 15:21 | -6 | 13 |
| 17 |
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Sachsen Leipzig | 15 | 3 | 4 | 8 | 10:25 | -15 | 13 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 15 | 2 | 4 | 9 | 8:23 | -15 | 10 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
