| 6. Spieltag | 13.09.1998 | SpVgg Greuther Fürth | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 19.09.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | SG Wattenscheid 09 | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 25.09.1998 | Karlsruher SC | - | Fortuna Düsseldorf | 3:1 | ||||
| 13. Spieltag | 08.11.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | SSV Ulm 1846 | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 06.12.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | Rot-Weiß Oberhausen | 2:2 | ||||
| 18. Spieltag | 11.12.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 20.12.1998 | FC Gütersloh | - | Fortuna Düsseldorf | 2:2 | ||||
| 28. Spieltag | 02.05.1999 | SpVgg Unterhaching | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 14.05.1999 | SSV Ulm 1846 | - | Fortuna Düsseldorf | 4:2 | ||||
| 31. Spieltag | 23.05.1999 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FSV Mainz 05 | 0:3 | ||||
| 32. Spieltag | 28.05.1999 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 5:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.06.1999 | Fortuna Düsseldorf | - | Energie Cottbus | 0:3 | ||||
| 34. Spieltag | 17.06.1999 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Fortuna Düsseldorf | 1:3 |
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