| 20. Spieltag | 18.02.2006 | Karlsruher SC II | - | FC Augsburg | 2:2 | ||||
| 18. Spieltag | 21.02.2006 | TSV 1860 München II | - | FC Augsburg | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 25.02.2006 | FC Augsburg | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.03.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | FC Augsburg | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 25.03.2006 | FC Augsburg | - | VfR Aalen | 2:0 |  |
|||
| 26. Spieltag | 31.03.2006 | SC Pfullendorf | - | FC Augsburg | 2:2 | ||||
| 17. Spieltag | 04.04.2006 | 1. FC Eschborn | - | FC Augsburg | 0:5 | ||||
| 27. Spieltag | 08.04.2006 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 1:0 | |
|||
| 28. Spieltag | 13.04.2006 | Stuttgarter Kickers | - | FC Augsburg | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 22.04.2006 | FC Augsburg | - | TSG Hoffenheim | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 29.04.2006 | SV 07 Elversberg | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 03.05.2006 | Eintracht Trier | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2006 | FC Augsburg | - | TuS Koblenz | 0:1 | ||||
| 32. Spieltag | 13.05.2006 | FC Augsburg | - | SV Darmstadt 98 | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 20.05.2006 | SpVgg Bayreuth | - | FC Augsburg | 2:3 | |
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