| 1. Spieltag | 08.08.2016 | VfB Stuttgart | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 13.08.2016 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 | ||||
| 4. Spieltag | 10.09.2016 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 18.09.2016 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 22.09.2016 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 2:2 |  |
|||
| 7. Spieltag | 26.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 01.10.2016 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 14.10.2016 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 31.10.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 07.11.2016 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 20.11.2016 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 26.11.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 02.12.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 11.12.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 17. Spieltag | 17.12.2016 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 1:1 |
Norwegen