| 19. Spieltag | 24.01.2010 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Augsburg | 0:3 | ||||
| 20. Spieltag | 30.01.2010 | FC Augsburg | - | Arminia Bielefeld | 3:1 | ||||
| 21. Spieltag | 06.02.2010 | 1. FC Union Berlin | - | FC Augsburg | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 14.02.2010 | FC Augsburg | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 20.02.2010 | Hansa Rostock | - | FC Augsburg | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 27.02.2010 | TuS Koblenz | - | FC Augsburg | 0:1 |  |
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| 25. Spieltag | 07.03.2010 | FC Augsburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 13.03.2010 | Karlsruher SC | - | FC Augsburg | 1:0 | |
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| 27. Spieltag | 20.03.2010 | FC Augsburg | - | Rot Weiss Ahlen | 3:1 |  |
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| 29. Spieltag | 04.04.2010 | FC Augsburg | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 12.04.2010 | FC St. Pauli | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 16.04.2010 | FC Augsburg | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 25.04.2010 | FSV Frankfurt | - | FC Augsburg | 1:1 |
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