10. Spieltag 30.09.2000 FC Carl Zeiss Jena - Kickers Offenbach 0:0
11. Spieltag 08.10.2000 1. FC Schweinfurt 05 - FC Carl Zeiss Jena 3:0
12. Spieltag 14.10.2000 FC Carl Zeiss Jena - VfR Aalen 1:3 gelbe Karte
13. Spieltag 21.10.2000 SV Wehen-Taunusstein - FC Carl Zeiss Jena 3:2
14. Spieltag 27.10.2000 FC Carl Zeiss Jena - SC Pfullendorf 1:0
15. Spieltag 04.11.2000 Sportfreunde Siegen - FC Carl Zeiss Jena 1:2
16. Spieltag 12.11.2000 TSV 1860 München II - FC Carl Zeiss Jena 4:0
17. Spieltag 18.11.2000 FC Carl Zeiss Jena - Karlsruher SC 0:1 gelbe Karte
18. Spieltag 25.11.2000 FC Carl Zeiss Jena - SV 07 Elversberg 5:0
19. Spieltag 03.12.2000 SV Darmstadt 98 - FC Carl Zeiss Jena 3:1 gelbe Karte
20. Spieltag 09.12.2000 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 1:2
21. Spieltag 24.02.2001 Jahn Regensburg - FC Carl Zeiss Jena 2:2 Tor
23. Spieltag 10.03.2001 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 0:0
24. Spieltag 17.03.2001 FC Carl Zeiss Jena - Bayern München II 1:1 gelbe Karte
25. Spieltag 30.03.2001 VfR Mannheim - FC Carl Zeiss Jena 2:0 gelbe Karte
26. Spieltag 07.04.2001 FC Carl Zeiss Jena - VfB Stuttgart II 1:2
27. Spieltag 14.04.2001 Kickers Offenbach - FC Carl Zeiss Jena 4:1
28. Spieltag 21.04.2001 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Schweinfurt 05 3:1
29. Spieltag 28.04.2001 VfR Aalen - FC Carl Zeiss Jena 1:1
30. Spieltag 05.05.2001 FC Carl Zeiss Jena - SV Wehen-Taunusstein 2:2
31. Spieltag 11.05.2001 SC Pfullendorf - FC Carl Zeiss Jena 2:1
32. Spieltag 18.05.2001 FC Carl Zeiss Jena - Sportfreunde Siegen 1:3
33. Spieltag 23.05.2001 FC Carl Zeiss Jena - TSV 1860 München II 1:2
34. Spieltag 26.05.2001 Karlsruher SC - FC Carl Zeiss Jena 1:3