# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 12 8 2 2 17:9 8 26
2 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 12 7 2 3 15:8 7 23
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 12 5 3 4 9:6 3 18
4 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 12 3 8 1 7:7 0 17
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 12 3 5 4 12:12 0 14
6 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 12 3 5 4 10:10 0 14
7 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 12 4 2 5 15:14 1 14
8 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 12 3 4 5 9:12 -3 13
9 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 12 1 6 5 4:14 -10 9
10 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 12 1 5 5 2:8 -6 8
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.