| 1. Spieltag | 25.08.2012 | SpVgg Greuther Fürth | - | Bayern München | 0:3 | ||||
| 4. Spieltag | 22.09.2012 | FC Schalke 04 | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 5. Spieltag | 25.09.2012 | Bayern München | - | VfL Wolfsburg | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 03.11.2012 | Hamburger SV | - | Bayern München | 0:3 | ||||
| 11. Spieltag | 10.11.2012 | Bayern München | - | Eintracht Frankfurt | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 17.11.2012 | 1. FC Nürnberg | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 24.11.2012 | Bayern München | - | Hannover 96 | 5:0 | ||||
| 14. Spieltag | 28.11.2012 | SC Freiburg | - | Bayern München | 0:2 |  |
|||
| 16. Spieltag | 08.12.2012 | FC Augsburg | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 22. Spieltag | 15.02.2013 | VfL Wolfsburg | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2013 | Bayern München | - | Werder Bremen | 6:1 | ||||
| 26. Spieltag | 16.03.2013 | Bayer Leverkusen | - | Bayern München | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 13.04.2013 | Bayern München | - | 1. FC Nürnberg | 4:0 | ||||
| 30. Spieltag | 20.04.2013 | Hannover 96 | - | Bayern München | 1:6 | ||||
| 31. Spieltag | 27.04.2013 | Bayern München | - | SC Freiburg | 1:0 |  |
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| 32. Spieltag | 04.05.2013 | Borussia Dortmund | - | Bayern München | 1:1 | |
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