| 6. Spieltag | 14.09.2015 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 20.09.2015 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 0:0 |  |
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| 9. Spieltag | 26.09.2015 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 17.10.2015 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 18. Spieltag | 14.12.2015 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 18.12.2015 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 12.02.2016 | FC St. Pauli | - | RB Leipzig | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 06.03.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 26. Spieltag | 11.03.2016 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 3:4 |  |
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| 28. Spieltag | 01.04.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 10.04.2016 | SC Freiburg | - | FC St. Pauli | 4:3 | ||||
| 30. Spieltag | 16.04.2016 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 2:0 | |
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| 31. Spieltag | 22.04.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 32. Spieltag | 29.04.2016 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 0:2 | ||||
| 33. Spieltag | 08.05.2016 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 15.05.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 5:2 |
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