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| H | Bangor City | - | Gloria Bistrița (old) | 0:1 (0:0) | ||
| R | Gloria Bistrița (old) | - | Bangor City | 5:2 (1:1) | ||
| H: 21.06.2003 16:00 | R: 28.06.2003 15:00 | Sieger: Gloria Bistrița (old) | ||||
| H | Shakhter Soligorsk | - | Omagh Town FC | 1:0 (1:0) | ||
| R | Omagh Town FC | - | Shakhter Soligorsk | 1:7 (1:4) | ||
| H: 21.06.2003 17:00 | R: 28.06.2003 18:00 | Sieger: Shakhter Soligorsk | ||||
| H | FK Partizani | - | Maccabi Netanya | 2:0 (2:0) | ||
| R | Maccabi Netanya | - | FK Partizani | 3:1 (1:1) | ||
| H: 21.06.2003 18:00 | R: 28.06.2003 17:00 | Sieger: FK Partizani | ||||
| H | 1. FC Brno | - | FC Kotayk | 1:0 (1:0) | ||
| R | FC Kotayk | - | 1. FC Brno | 3:2 (1:0) | ||
| H: 21.06.2003 18:00 | R: 28.06.2003 16:00 | Sieger: 1. FC Brno | ||||
| H | FC Dinaburg | - | FC Wil 1900 | 1:0 (1:0) | ||
| R | FC Wil 1900 | - | FC Dinaburg | 2:0 (2:0) | ||
| H: 21.06.2003 18:00 | R: 29.06.2003 18:00 | Sieger: FC Wil 1900 | ||||
| H | ZTS Dubnica | - | Olympiakos Nikosia | 3:0 (1:0) | ||
| R | Olympiakos Nikosia | - | ZTS Dubnica | 1:4 (0:3) | ||
| H: 21.06.2003 18:00 | R: 28.06.2003 19:00 | Sieger: ZTS Dubnica | ||||
| H | Dacia Chişinău | - | GÍ Gøta | 4:1 (1:0) | ||
| R | GÍ Gøta | - | Dacia Chişinău | 0:1 (0:0) | ||
| H: 21.06.2003 18:00 | R: 28.06.2003 20:00 | Sieger: Dacia Chişinău | ||||
| H | OFK Beograd | - | JK Narva Trans | annull. | ||
| R | JK Narva Trans | - | OFK Beograd | 3:5 (3:2, 3:3) n.V. | ||
| H: 21.06.2003 18:15 | R: 29.06.2003 16:00 | Sieger: OFK Beograd | ||||
| H | Sloboda Tuzla | - | KA Akureyri | 1:1 (0:0) | ||
| R | KA Akureyri | - | Sloboda Tuzla | 2:3 (0:1, 1:1, 1:1) i.E. | ||
| H: 21.06.2003 19:00 | R: 28.06.2003 17:00 | Sieger: Sloboda Tuzla | ||||
| H | Győri ETO FC | - | Ethnikos Achna | 1:1 (0:1) | ||
| R | Ethnikos Achna | - | Győri ETO FC | 2:2 (2:1) | ||
| H: 21.06.2003 20:00 | R: 28.06.2003 16:00 | Sieger: Győri ETO FC | ||||
| H | Odra Wodzisław | - | Shamrock Rovers | 1:2 (0:0) | ||
| R | Shamrock Rovers | - | Odra Wodzisław | 1:0 (0:0) | ||
| H: 21.06.2003 20:00 | R: 29.06.2003 16:15 | Sieger: Shamrock Rovers | ||||
| H | FC Encamp | - | Lierse SK (old) | 0:3 (0:2) | ||
| R | Lierse SK (old) | - | FC Encamp | 4:1 (2:1) | ||
| H: 22.06.2003 12:00 | R: 29.06.2003 18:00 | Sieger: Lierse SK (old) | ||||
| H | FK Zalgiris | - | Örgryte IS | 1:1 (0:0) | ||
| R | Örgryte IS | - | FK Zalgiris | 3:0 (0:0) | ||
| H: 22.06.2003 16:00 | R: 28.06.2003 15:00 | Sieger: Örgryte IS | ||||
| H | Sport Line Koper | - | NK Zagreb | 1:0 (0:0) | ||
| R | NK Zagreb | - | Sport Line Koper | 2:2 (0:1) | ||
| H: 22.06.2003 17:30 | R: 28.06.2003 17:30 | Sieger: Sport Line Koper | ||||
| H | FK Sutjeska | - | Union Luxembourg | 3:0 (0:0) | ||
| R | Union Luxembourg | - | FK Sutjeska | 1:1 (0:1) | ||
| H: 22.06.2003 17:30 | R: 29.06.2003 17:00 | Sieger: FK Sutjeska | ||||
| H | AC Allianssi | - | Hibernians FC | 1:0 (0:0) | ||
| R | Hibernians FC | - | AC Allianssi | 1:1 (1:0) | ||
| H: 22.06.2003 17:30 | R: 28.06.2003 17:30 | Sieger: AC Allianssi | ||||
| H | SV PlusCity Pasching | - | WIT Georgia | 1:0 (0:0) | ||
| R | WIT Georgia | - | SV PlusCity Pasching | 2:1 (0:0) | ||
| H: 22.06.2003 18:00 | R: 28.06.2003 15:00 | Sieger: SV PlusCity Pasching | ||||
| H | Spartak Trnava | - | FK Pobeda | 1:5 (1:3) | ||
| R | FK Pobeda | - | Spartak Trnava | 2:1 (1:0) | ||
| H: 22.06.2003 18:00 | R: 28.06.2003 17:30 | Sieger: FK Pobeda | ||||
| H | Videoton FC | - | Marek Dupnitza | 2:2 (2:0) | ||
| R | Marek Dupnitza | - | Videoton FC | 3:2 (2:0, 2:2) n.V. | ||
| H: 22.06.2003 18:00 | R: 29.06.2003 16:30 | Sieger: Marek Dupnitza | ||||
| H | Tampere United | - | Ceahlăul Piatra Neamt | 1:0 (1:0) | ||
| R | Ceahlăul Piatra Neamt | - | Tampere United | 2:1 (1:0) | ||
| H: 22.06.2003 18:00 | R: 29.06.2003 17:00 | Sieger: Tampere United | ||||
| H | Polonia Warszawa | - | Tobyl Kostanay | 0:3 (0:1) | ||
| R | Tobyl Kostanay | - | Polonia Warszawa | 2:1 (0:1) | ||
| H: 22.06.2003 18:00 | R: 29.06.2003 14:00 | Sieger: Tobyl Kostanay | ||||
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# Das Spiel OFK Beograd gegen JK Narva Trans (Resultat: 6:1) musste wegen Zündens einer Rauchbombe auf den Rängen für 80 Minuten unterbrochen werden. Es wurde zunächst von der UEFA mit 0:3 gewertet und schließlich komplett annulliert. Das Ergebnis des Rückspiels entschied über das Weiterkommen. |
