| 7. Spieltag | 25.09.2012 | FC St. Pauli | - | VfR Aalen | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 21.10.2012 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 28.10.2012 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 3:2 | ||||
| 12. Spieltag | 03.11.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 15. Spieltag | 25.11.2012 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:1 | ||||
| 16. Spieltag | 28.11.2012 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 15.12.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 03.02.2013 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 22.02.2013 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | VfR Aalen | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 08.03.2013 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 3:2 | ||||
| 27. Spieltag | 01.04.2013 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:2 |  |
|||
| 28. Spieltag | 06.04.2013 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2013 | FC St. Pauli | - | Hertha BSC | 2:3 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2013 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 |
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