| 2. Spieltag | 23.08.2008 | Werder Bremen | - | FC Schalke 04 | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 27.09.2008 | Werder Bremen | - | 1899 Hoffenheim | 5:4 | ||||
| 7. Spieltag | 04.10.2008 | VfB Stuttgart | - | Werder Bremen | 4:1 |  |
|||
| 8. Spieltag | 18.10.2008 | Werder Bremen | - | Borussia Dortmund | 3:3 | ||||
| 10. Spieltag | 28.10.2008 | Werder Bremen | - | Bayer Leverkusen | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | Werder Bremen | - | Hertha BSC | 5:1 | ||||
| 12. Spieltag | 08.11.2008 | VfL Bochum | - | Werder Bremen | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 16.11.2008 | Werder Bremen | - | 1. FC Köln | 3:1 | ||||
| 14. Spieltag | 23.11.2008 | Hamburger SV | - | Werder Bremen | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 07.02.2009 | FC Schalke 04 | - | Werder Bremen | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 01.03.2009 | Werder Bremen | - | Bayern München | 0:0 | |
|||
| 23. Spieltag | 07.03.2009 | 1899 Hoffenheim | - | Werder Bremen | 0:0 | |
|||
| 24. Spieltag | 15.03.2009 | Werder Bremen | - | VfB Stuttgart | 4:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.03.2009 | Borussia Dortmund | - | Werder Bremen | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 16.05.2009 | Werder Bremen | - | Karlsruher SC | 1:3 | ||||
| 34. Spieltag | 23.05.2009 | VfL Wolfsburg | - | Werder Bremen | 5:1 |
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