| 15. Spieltag | 24.11.2012 | 1. FC Union Berlin | - | TSV 1860 München | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2012 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2012 | VfR Aalen | - | TSV 1860 München | 1:1 |  |
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| 18. Spieltag | 09.12.2012 | Jahn Regensburg | - | TSV 1860 München | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 16.12.2012 | TSV 1860 München | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 04.02.2013 | TSV 1860 München | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 09.02.2013 | MSV Duisburg | - | TSV 1860 München | 1:3 | |
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| 22. Spieltag | 15.02.2013 | TSV 1860 München | - | VfL Bochum | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 24.02.2013 | Eintracht Braunschweig | - | TSV 1860 München | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 28.03.2013 | Erzgebirge Aue | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 13.04.2013 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2013 | 1. FC Köln | - | TSV 1860 München | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 12.05.2013 | SC Paderborn 07 | - | TSV 1860 München | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2013 | TSV 1860 München | - | VfR Aalen | 3:0 | |
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