| 14. Spieltag | 08.10.2016 | SpVgg Bayreuth | - | Wacker Burghausen | 1:3 |  |
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| 32. Spieltag | 06.05.2017 | TSV 1860 München II | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 29. Spieltag | 09.05.2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 6:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2017 | VfR Garching | - | Wacker Burghausen | 4:0 |
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