| 4. Spieltag | 03.09.2016 | Karlsruher SC [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 5:2 | ||||
| 5. Spieltag | 17.09.2016 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | SV Sandhausen [B-Junioren] | 1:2 |  |
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| 7. Spieltag | 09.10.2016 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | SpVgg Unterhaching [B-Junioren] | 3:2 | ||||
| 8. Spieltag | 15.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 23.10.2016 | TSV 1860 München [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2016 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | Stuttgarter Kickers [B-Junioren] | 0:3 | ||||
| 13. Spieltag | 26.11.2016 | 1. FC Kaiserslautern [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 2:0 |  |
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| 16. Spieltag | 18.12.2016 | FC Augsburg [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 5:3 | ||||
| 23. Spieltag | 09.04.2017 | Stuttgarter Kickers [B-Junioren] | - | SC Freiburg [B-Junioren] | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 22.04.2017 | SC Freiburg [B-Junioren] | - | 1899 Hoffenheim [B-Junioren] | 1:0 |
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