| 1. Spieltag | 27.07.2024 | SC Paderborn 07 II | - | 1. FC Düren | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 18.08.2024 | Wuppertaler SV | - | SC Paderborn 07 II | 1:4 | ||||
| 5. Spieltag | 23.08.2024 | SC Paderborn 07 II | - | MSV Duisburg | 2:1 | ||||
| 6. Spieltag | 01.09.2024 | Sportfreunde Lotte | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 |  |
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| 7. Spieltag | 13.09.2024 | SC Paderborn 07 II | - | FC Gütersloh | 1:2 | |
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| 11. Spieltag | 12.10.2024 | KFC Uerdingen 05 | - | SC Paderborn 07 II | annull. | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2024 | SC Paderborn 07 II | - | SC Wiedenbrück | 1:2 | ||||
| 18. Spieltag | 07.12.2024 | 1. FC Düren | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 08.02.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Wuppertaler SV | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 09.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Türkspor Dortmund | annull. | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2025 | Rot-Weiß Oberhausen | - | SC Paderborn 07 II | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Eintracht Hohkeppel | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 19.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 31. Spieltag | 26.04.2025 | SC Wiedenbrück | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 |  |
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| 33. Spieltag | 10.05.2025 | SV Rödinghausen | - | SC Paderborn 07 II | 4:2 |
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