| 1. Spieltag | 11.08.1999 | 1. FC Magdeburg | - | BFC Dynamo | 1:1 |  |
|||
| 8. Spieltag | 19.09.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Hertha BSC II | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Dynamo Dresden | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 16.10.1999 | Sachsen Leipzig | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 11.12.1999 | Stahl Eisenhüttenstadt | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 27.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | TeBe Berlin II | 6:1 | ||||
| 25. Spieltag | 25.03.2000 | Hertha BSC II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 Wert. | ||||
| 24. Spieltag | 18.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 22.04.2000 | VFC Plauen | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | |
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| 30. Spieltag | 30.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Lok Altmark Stendal | 8:1 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2000 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 32. Spieltag | 09.05.2000 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 |  |
Deutschland