| 2. Spieltag | 13.08.2016 | FSV Barleben | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:2 |  |
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| 7. Spieltag | 02.10.2016 | Askania Bernburg | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:2 | ||||
| 11. Spieltag | 04.11.2016 | Germania Halberstadt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 19.11.2016 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SV SCHOTT Jena | 3:0 | ||||
| 15. Spieltag | 10.12.2016 | VfL Halle 96 | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 08.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Askania Bernburg | 2:3 | ||||
| 28. Spieltag | 21.05.2017 | SSV Markranstädt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:6 |
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