| 21. Spieltag | 10.04.2013 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Union Berlin II | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 14.04.2013 | Optik Rathenow | - | 1. FC Union Berlin II | 3:2 | ||||
| 15. Spieltag | 17.04.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | Torgelower SV Greif | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 21.04.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | Germania Halberstadt | 1:1 |  |
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| 26. Spieltag | 27.04.2013 | VfB Auerbach | - | 1. FC Union Berlin II | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 02.05.2013 | Hertha BSC II | - | 1. FC Union Berlin II | 1:3 | |
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| 27. Spieltag | 05.05.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | ZFC Meuselwitz | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 08.05.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | FSV Zwickau | 1:3 | ||||
| 28. Spieltag | 11.05.2013 | VFC Plauen | - | 1. FC Union Berlin II | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 15.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Union Berlin II | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 19.05.2013 | 1. FC Union Berlin II | - | Hertha BSC II | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 25.05.2013 | Torgelower SV Greif | - | 1. FC Union Berlin II | 0:3 | |
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