| 2. Spieltag | 21.08.2016 | TuS Ennepetal | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | TSV Marl-Hüls | - | SC Paderborn 07 II | 7:1 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | SC Paderborn 07 II | - | SC Hassel | 0:1 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.2016 | SpVgg Erkenschwick | - | SC Paderborn 07 II | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 13.11.2016 | SC Paderborn 07 II | - | FC Gütersloh 2000 | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | Arminia Bielefeld II | - | SC Paderborn 07 II | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 03.12.2016 | SV Lippstadt 08 | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 11.12.2016 | Westfalia Rhynern | - | SC Paderborn 07 II | 1:2 | ||||
| 18. Spieltag | 18.12.2016 | SuS Neuenkirchen | - | SC Paderborn 07 II | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 09.04.2017 | SC Paderborn 07 II | - | Hammer SpVg | 1:2 | ||||
| 27. Spieltag | 13.04.2017 | FCE Rheine | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 17.04.2017 | SC Paderborn 07 II | - | TSV Marl-Hüls | 6:0 | ||||
| 29. Spieltag | 23.04.2017 | SC Hassel | - | SC Paderborn 07 II | 4:1 | ||||
| 33. Spieltag | 20.05.2017 | SV Lippstadt 08 | - | SC Paderborn 07 II | 2:3 | ||||
| 34. Spieltag | 28.05.2017 | SC Paderborn 07 II | - | Westfalia Rhynern | 3:0 |
Deutschland