| 3. Spieltag | 27.08.2006 | FC St. Pauli II | - | FC Oberneuland | 2:1 | ||||
| 4. Spieltag | 03.09.2006 | SV Ramlingen/Ehlershausen | - | FC St. Pauli II | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 10.09.2006 | FC St. Pauli II | - | Arminia Hannover | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 17.09.2006 | VfL Wolfsburg II | - | FC St. Pauli II | 7:1 | ||||
| 7. Spieltag | 24.09.2006 | FC St. Pauli II | - | VSK Osterholz-Scharmbeck | 3:0 |  |
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| 8. Spieltag | 01.10.2006 | SV Henstedt-Rhen | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 14.10.2006 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 05.11.2006 | FC St. Pauli II | - | VfL Osnabrück II | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 19.11.2006 | FC St. Pauli II | - | VfL 93 Hamburg | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 26.11.2006 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 3:1 |
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