| 20. Spieltag | 10.04.2013 | TSG Neustrelitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 24. Spieltag | 14.04.2013 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 16.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Lok Leipzig | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 24.04.2013 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 |  |
|||
| 27. Spieltag | 04.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hertha BSC II | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 07.05.2013 | Berliner AK 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 11.05.2013 | Torgelower SV Greif | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 15.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Union Berlin II | 1:0 |
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