| 12. Spieltag | 29.10.2008 | SV Sandhausen | - | Bayern München II | 3:3 | ||||
| 14. Spieltag | 09.11.2008 | Erzgebirge Aue | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 15.11.2008 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 12.12.2008 | Kickers Offenbach | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 16.12.2008 | Kickers Emden | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 20. Spieltag | 20.12.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Bayern München II | 0:0 |  |
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| 22. Spieltag | 14.02.2009 | Dynamo Dresden | - | Bayern München II | 3:2 |  |
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| 24. Spieltag | 01.03.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 13.03.2009 | Werder Bremen II | - | Bayern München II | 0:0 | |
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| 23. Spieltag | 17.03.2009 | Bayern München II | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2009 | Bayern München II | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 25.03.2009 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 4:0 | |
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| 28. Spieltag | 29.03.2009 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 0:0 | |
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| 29. Spieltag | 01.04.2009 | Bayern München II | - | Fortuna Düsseldorf | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 04.04.2009 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern München II | 2:1 |
Deutschland