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| 07.11.2008 | 19:00 | VfR Aalen | - | Wacker Burghausen | 0:0 (0:0) | |
| 08.11.2008 | 14:00 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 (0:0) | |
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Kickers Emden | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Jahn Regensburg | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | SV Sandhausen | - | Kickers Offenbach | 0:2 (0:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | Wuppertaler SV | 3:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Dynamo Dresden | 2:1 (1:1) | ||
| 09.11.2008 | 14:00 | Erzgebirge Aue | - | Bayern München II | 1:1 (0:1) | |
| 14:00 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 2:1 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Kickers Emden | 14 | 9 | 4 | 1 | 21:9 | 12 | 31 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 14 | 9 | 2 | 3 | 25:15 | 10 | 29 |
| 3 |
|
1. FC Union Berlin | 14 | 8 | 4 | 2 | 24:12 | 12 | 28 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 14 | 8 | 2 | 4 | 23:11 | 12 | 26 |
| 5 |
|
Kickers Offenbach | 14 | 6 | 5 | 3 | 20:14 | 6 | 23 |
| 6 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 14 | 7 | 1 | 6 | 23:18 | 5 | 22 |
| 7 |
|
SV Sandhausen | 14 | 6 | 3 | 5 | 25:21 | 4 | 21 |
| 8 |
|
Bayern München II | 14 | 4 | 9 | 1 | 20:17 | 3 | 21 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 14 | 5 | 5 | 4 | 28:21 | 7 | 20 |
| 10 |
|
SpVgg Unterhaching | 14 | 5 | 5 | 4 | 16:18 | -2 | 20 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 14 | 4 | 5 | 5 | 20:19 | 1 | 17 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 14 | 4 | 4 | 6 | 16:17 | -1 | 16 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 14 | 4 | 4 | 6 | 12:15 | -3 | 16 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 14 | 4 | 4 | 6 | 15:20 | -5 | 16 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 14 | 2 | 9 | 3 | 10:15 | -5 | 15 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 14 | 3 | 6 | 5 | 16:23 | -7 | 15 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 14 | 2 | 5 | 7 | 14:27 | -13 | 11 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 14 | 3 | 2 | 9 | 17:32 | -15 | 11 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 14 | 2 | 3 | 9 | 17:26 | -9 | 9 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 14 | 1 | 6 | 7 | 19:31 | -12 | 6 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
