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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 14 | 8 | 4 | 2 | 11:4 | 7 | 28 |
| 2 |
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SV Sandhausen | 14 | 8 | 3 | 3 | 9:5 | 4 | 27 |
| 3 |
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Kickers Emden | 14 | 6 | 6 | 2 | 9:3 | 6 | 24 |
| 4 |
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Bayern München II | 14 | 6 | 5 | 3 | 8:6 | 2 | 23 |
| 5 |
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Fortuna Düsseldorf | 14 | 5 | 7 | 2 | 10:4 | 6 | 22 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 14 | 6 | 4 | 4 | 12:8 | 4 | 22 |
| 7 |
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Rot-Weiß Erfurt | 14 | 5 | 6 | 3 | 12:7 | 5 | 21 |
| 8 |
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1. FC Union Berlin | 14 | 4 | 8 | 2 | 8:5 | 3 | 20 |
| 9 |
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Eintracht Braunschweig | 14 | 5 | 4 | 5 | 10:10 | 0 | 19 |
| 10 |
|
Werder Bremen II | 14 | 2 | 11 | 1 | 9:7 | 2 | 17 |
| 11 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 14 | 4 | 5 | 5 | 6:11 | -5 | 17 |
| 12 |
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Wacker Burghausen | 14 | 4 | 4 | 6 | 10:12 | -2 | 16 |
| 13 |
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SpVgg Unterhaching | 14 | 3 | 7 | 4 | 6:8 | -2 | 16 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 14 | 2 | 8 | 4 | 5:8 | -3 | 14 |
| 15 |
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Stuttgarter Kickers | 14 | 2 | 8 | 4 | 9:14 | -5 | 14 |
| 16 |
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Erzgebirge Aue | 14 | 2 | 7 | 5 | 6:8 | -2 | 13 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 14 | 2 | 7 | 5 | 4:8 | -4 | 13 |
| 18 |
|
Kickers Offenbach | 14 | 2 | 6 | 6 | 4:8 | -4 | 12 |
| 19 |
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Dynamo Dresden | 14 | 1 | 8 | 5 | 4:9 | -5 | 11 |
| 20 |
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Jahn Regensburg | 14 | 1 | 6 | 7 | 3:10 | -7 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
