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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Kickers Offenbach | 14 | 7 | 5 | 2 | 16:6 | 10 | 26 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 14 | 6 | 7 | 1 | 16:7 | 9 | 25 |
| 3 |
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Kickers Emden | 14 | 6 | 7 | 1 | 12:6 | 6 | 25 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 14 | 7 | 3 | 4 | 13:7 | 6 | 24 |
| 5 |
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Erzgebirge Aue | 14 | 7 | 1 | 6 | 14:11 | 3 | 22 |
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SC Paderborn 07 | 14 | 6 | 4 | 4 | 14:11 | 3 | 22 | |
| 7 |
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VfB Stuttgart II | 14 | 6 | 3 | 5 | 16:13 | 3 | 21 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 14 | 6 | 2 | 6 | 16:16 | 0 | 20 |
| 9 |
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Dynamo Dresden | 14 | 4 | 7 | 3 | 8:6 | 2 | 19 |
| 10 |
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Bayern München II | 14 | 5 | 4 | 5 | 12:11 | 1 | 19 |
| 11 |
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Eintracht Braunschweig | 14 | 4 | 7 | 3 | 6:7 | -1 | 19 |
| 12 |
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Rot-Weiß Erfurt | 14 | 5 | 3 | 6 | 11:11 | 0 | 18 |
| 13 |
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SpVgg Unterhaching | 14 | 4 | 6 | 4 | 10:10 | 0 | 18 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 14 | 4 | 5 | 5 | 10:12 | -2 | 17 |
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Wuppertaler SV | 14 | 3 | 8 | 3 | 10:12 | -2 | 17 | |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 14 | 4 | 4 | 6 | 11:17 | -6 | 16 |
| 17 |
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VfR Aalen | 14 | 2 | 9 | 3 | 6:7 | -1 | 15 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 14 | 2 | 6 | 6 | 10:17 | -7 | 12 |
| 19 |
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Wacker Burghausen | 14 | 1 | 6 | 7 | 7:20 | -13 | 9 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 14 | 1 | 3 | 10 | 8:19 | -11 | 6 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
