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| 31.10.2008 | 19:00 | Wuppertaler SV | - | Stuttgarter Kickers | 3:3 (0:1) | |
| 19:00 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:4 (1:1) | ||
| 01.11.2008 | 14:00 | Kickers Emden | - | Erzgebirge Aue | 1:1 (0:1) | |
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Aalen | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Werder Bremen II | 1:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 (1:1) | ||
| 02.11.2008 | 14:00 | Bayern München II | - | Jahn Regensburg | 2:2 (1:0) | |
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | SC Paderborn 07 | 0:3 (0:2) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | SV Sandhausen | 1:1 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 13 | 8 | 4 | 1 | 24:11 | 13 | 28 |
| 2 |
|
Kickers Emden | 13 | 8 | 4 | 1 | 20:9 | 11 | 28 |
| 3 |
|
SC Paderborn 07 | 13 | 8 | 2 | 3 | 23:14 | 9 | 26 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 13 | 7 | 2 | 4 | 20:10 | 10 | 23 |
| 5 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 13 | 7 | 1 | 5 | 23:17 | 6 | 22 |
| 6 |
|
SV Sandhausen | 13 | 6 | 3 | 4 | 25:19 | 6 | 21 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 13 | 5 | 5 | 3 | 18:14 | 4 | 20 |
| 8 |
|
Bayern München II | 13 | 4 | 8 | 1 | 19:16 | 3 | 20 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 13 | 5 | 4 | 4 | 27:20 | 7 | 19 |
| 10 |
|
SpVgg Unterhaching | 13 | 4 | 5 | 4 | 15:18 | -3 | 17 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 13 | 4 | 4 | 5 | 19:18 | 1 | 16 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 13 | 4 | 4 | 5 | 15:15 | 0 | 16 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 13 | 4 | 4 | 5 | 11:13 | -2 | 16 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 13 | 4 | 4 | 5 | 14:17 | -3 | 16 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 13 | 2 | 8 | 3 | 10:15 | -5 | 14 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 13 | 3 | 5 | 5 | 16:23 | -7 | 14 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 13 | 2 | 4 | 7 | 13:26 | -13 | 10 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 13 | 3 | 1 | 9 | 17:32 | -15 | 10 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 13 | 2 | 2 | 9 | 17:26 | -9 | 8 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 13 | 0 | 6 | 7 | 17:30 | -13 | 3 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
