# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 7 5 2 0 15:4 11 17
2 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 7 5 2 0 15:5 10 17
3 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 7 5 1 1 13:5 8 16
4 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 6 5 0 1 16:7 9 15
5 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 6 4 1 1 15:5 10 13
6 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 7 3 4 0 11:8 3 13
7 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 7 3 2 2 11:6 5 11
8 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 6 3 2 1 9:4 5 11
9 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 6 3 2 1 8:4 4 11
10 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 6 3 2 1 9:6 3 11
11 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 7 3 2 2 12:12 0 11
12 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 7 2 3 2 9:8 1 9
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 7 2 2 3 7:9 -2 8
14 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 6 1 4 1 4:4 0 7
15 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 7 1 4 2 8:14 -6 7
16 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 6 2 0 4 13:14 -1 6
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 7 2 0 5 10:17 -7 6
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 6 1 2 3 6:10 -4 5
19 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 6 1 2 3 3:7 -4 5
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 6 0 3 3 8:12 -4 3
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.