| 5. Spieltag | 29.08.1999 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Magdeburg | 2:3 | ||||
| 8. Spieltag | 18.09.1999 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Babelsberg 03 | 1:2 |  |
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| 11. Spieltag | 16.10.1999 | SV Babelsberg 03 | - | Hertha BSC II | 4:0 | ||||
| 12. Spieltag | 23.10.1999 | Stahl Eisenhüttenstadt | - | SV Babelsberg 03 | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.1999 | SV Babelsberg 03 | - | VfL Halle 96 | 9:1 |  |
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| 14. Spieltag | 13.11.1999 | BFC Dynamo | - | SV Babelsberg 03 | 1:3 | |
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| 15. Spieltag | 19.11.1999 | Dynamo Dresden | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 16. Spieltag | 04.12.1999 | SV Babelsberg 03 | - | Dresdner SC | 0:0 | |
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| 17. Spieltag | 11.12.1999 | Sachsen Leipzig | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 |  |
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| 20. Spieltag | 19.02.2000 | TeBe Berlin II | - | SV Babelsberg 03 | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 26.02.2000 | SV Babelsberg 03 | - | Lok Altmark Stendal | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 05.04.2000 | SV Babelsberg 03 | - | Erzgebirge Aue | 2:2 | ||||
| 28. Spieltag | 16.04.2000 | Hertha BSC II | - | SV Babelsberg 03 | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 24.04.2000 | SV Babelsberg 03 | - | Stahl Eisenhüttenstadt | 3:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2000 | SV Babelsberg 03 | - | Sachsen Leipzig | 2:0 |
Deutschland