| 1. Spieltag | 07.08.2016 | SV Merseburg 99 | - | SV SCHOTT Jena | 1:1 |  |
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| 2. Spieltag | 12.08.2016 | SSV Markranstädt | - | SV Merseburg 99 | 1:2 | |
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| 3. Spieltag | 28.08.2016 | SV Merseburg 99 | - | Bischofswerdaer FV | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 09.09.2016 | VfL Halle 96 | - | SV Merseburg 99 | 0:1 | ||||
| 5. Spieltag | 18.09.2016 | SV Merseburg 99 | - | Inter Leipzig | 4:2 | |
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| 6. Spieltag | 24.09.2016 | FSV Barleben | - | SV Merseburg 99 | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 02.10.2016 | SV Merseburg 99 | - | BSG Wismut Gera | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 14.10.2016 | Union Sandersdorf | - | SV Merseburg 99 | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 23.10.2016 | SV Merseburg 99 | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 30.10.2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SV Merseburg 99 | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 06.11.2016 | SV Merseburg 99 | - | Askania Bernburg | 2:0 | |
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| 12. Spieltag | 19.11.2016 | BSG Chemie Leipzig | - | SV Merseburg 99 | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 26.11.2016 | Brandenburger SC Süd | - | SV Merseburg 99 | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 04.12.2016 | SV Merseburg 99 | - | VFC Plauen | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 10.12.2016 | Germania Halberstadt | - | SV Merseburg 99 | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 19.02.2017 | SV SCHOTT Jena | - | SV Merseburg 99 | 1:2 |  |
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