| 1. Spieltag | 06.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VfB Pößneck | 1:0 | ||||
| 2. Spieltag | 12.08.2006 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 |  |
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| 3. Spieltag | 20.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VFC Plauen | 1:1 | |
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| 4. Spieltag | 26.08.2006 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 09.09.2006 | FSV Zwickau | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:0 | |
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| 6. Spieltag | 24.09.2006 | Sachsen Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 |  |
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| 8. Spieltag | 14.10.2006 | Hallescher FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:0 | |
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| 9. Spieltag | 21.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SV Dessau 05 | 1:0 |  |
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| 11. Spieltag | 04.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Germania Halberstadt | 3:0 | |
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| 12. Spieltag | 11.11.2006 | FC Eilenburg | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 18.11.2006 | Rot-Weiß Erfurt II | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:3 | ||||
| 14. Spieltag | 25.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Energie Cottbus II | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 03.12.2006 | ZFC Meuselwitz | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:0 | |
Deutschland