| 5. Spieltag | 08.08.2012 | VfL Frohnlach | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 18.08.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Ismaning | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 26.08.2012 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 01.09.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Viktoria Aschaffenburg | 3:1 | ||||
| 11. Spieltag | 08.09.2012 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 22.09.2012 | Würzburger Kickers | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 29.09.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 13.10.2012 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 26.10.2012 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:4 |  |
|||
| 15. Spieltag | 08.05.2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 36. Spieltag | 11.05.2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 München II | 0:1 | ||||
| 37. Spieltag | 18.05.2013 | SC Eltersdorf | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 38. Spieltag | 24.05.2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 2:1 |
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