| 2. Spieltag | 07.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Auerbach | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 10.08.2016 | FSV Budissa Bautzen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 |  |
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| 5. Spieltag | 27.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | Union Fürstenwalde | 4:0 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | FC Oberlausitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | |
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| 17. Spieltag | 11.12.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | BFC Dynamo | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 26.02.2017 | Union Fürstenwalde | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 05.03.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSG Neustrelitz | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 12.03.2017 | Berliner AK 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 19. Spieltag | 22.03.2017 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 26.03.2017 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
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| 26. Spieltag | 02.04.2017 | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 13.04.2017 | Wacker Nordhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:4 | |
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| 29. Spieltag | 19.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Oberlausitz | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2017 | 1. FC Lok Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 |
Deutschland