| 1. Spieltag | 21.07.2012 | FC Ismaning | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 25.07.2012 | FC Augsburg II | - | FC Ismaning | 2:3 | ||||
| 3. Spieltag | 28.07.2012 | FC Ismaning | - | SpVgg Bayern Hof | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 04.08.2012 | SV Heimstetten | - | FC Ismaning | 1:1 |  |
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| 5. Spieltag | 08.08.2012 | FC Ismaning | - | TSV 1860 München II | 1:0 | |
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| 6. Spieltag | 11.08.2012 | SC Eltersdorf | - | FC Ismaning | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 14.08.2012 | FC Ismaning | - | FC Memmingen | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 18.08.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Ismaning | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 25.08.2012 | FC Ismaning | - | TSV 1860 Rosenheim | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 02.09.2012 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ismaning | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 08.09.2012 | FC Ismaning | - | TSV Buchbach | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 13.10.2012 | Viktoria Aschaffenburg | - | FC Ismaning | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 20.10.2012 | FC Ismaning | - | TSV 1896 Rain | 5:1 | ||||
| 20. Spieltag | 03.11.2012 | Würzburger Kickers | - | FC Ismaning | 0:5 | |
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| 21. Spieltag | 10.11.2012 | FC Ismaning | - | FC Augsburg II | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 13.11.2012 | SV Seligenporten | - | FC Ismaning | 0:2 |  |
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| 22. Spieltag | 17.11.2012 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ismaning | 2:1 | |
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