| 23. Spieltag | 07.02.2009 | AS Nancy Lorraine | - | AJ Auxerre | 0:2 | ||||
| 24. Spieltag | 14.02.2009 | AJ Auxerre | - | Lille OSC | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.02.2009 | Havre AC | - | AJ Auxerre | 1:2 |  |
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| 26. Spieltag | 28.02.2009 | AJ Auxerre | - | Toulouse FC | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 08.03.2009 | Stade Rennais | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 15.03.2009 | Olympique Lyonnais | - | AJ Auxerre | 0:2 | ||||
| 29. Spieltag | 21.03.2009 | AJ Auxerre | - | Le Mans UC 72 | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 04.04.2009 | Valenciennes FC | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 11.04.2009 | AJ Auxerre | - | Girondins Bordeaux | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 18.04.2009 | FC Sochaux | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 26.04.2009 | AJ Auxerre | - | SM Caen | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 02.05.2009 | AS Monaco | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 35. Spieltag | 13.05.2009 | AJ Auxerre | - | Grenoble Foot 38 | 2:0 |  |
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| 36. Spieltag | 16.05.2009 | Paris Saint-Germain | - | AJ Auxerre | 1:2 | |
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| 37. Spieltag | 23.05.2009 | AJ Auxerre | - | AS Saint-Étienne | 1:0 |
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