| 1. Spieltag | 21.07.2012 | FC Ismaning | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 25.07.2012 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:2 | ||||
| 3. Spieltag | 28.07.2012 | Viktoria Aschaffenburg | - | Würzburger Kickers | 0:3 | ||||
| 4. Spieltag | 03.08.2012 | Würzburger Kickers | - | TSV 1896 Rain | 3:2 | ||||
| 6. Spieltag | 10.08.2012 | Würzburger Kickers | - | FV Illertissen | 1:3 | ||||
| 9. Spieltag | 24.08.2012 | Würzburger Kickers | - | SV Heimstetten | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 08.09.2012 | Würzburger Kickers | - | SC Eltersdorf | 1:2 |  |
|||
| 12. Spieltag | 14.09.2012 | FC Memmingen | - | Würzburger Kickers | 1:3 | ||||
| 13. Spieltag | 22.09.2012 | Würzburger Kickers | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 29.09.2012 | TSV 1860 Rosenheim | - | Würzburger Kickers | 1:2 | ||||
| 17. Spieltag | 13.10.2012 | Würzburger Kickers | - | VfL Frohnlach | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 09.03.2013 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Bayern Hof | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 24.05.2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 6:1 |
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