1. Spieltag 06.08.2016 FC Carl Zeiss Jena II - Inter Leipzig 0:4
2. Spieltag 13.08.2016 FSV Barleben - FC Carl Zeiss Jena II 1:2
3. Spieltag 26.08.2016 FC Carl Zeiss Jena II - BSG Wismut Gera 1:3
4. Spieltag 09.09.2016 Union Sandersdorf - FC Carl Zeiss Jena II 0:1
5. Spieltag 18.09.2016 Brandenburger SC Süd - FC Carl Zeiss Jena II 1:2
6. Spieltag 24.09.2016 FC Carl Zeiss Jena II - FC Einheit Rudolstadt 1:2 gelbe Karte
7. Spieltag 02.10.2016 Askania Bernburg - FC Carl Zeiss Jena II 2:2 gelbe Karte
8. Spieltag 16.10.2016 FC Carl Zeiss Jena II - BSG Chemie Leipzig 2:3
9. Spieltag 23.10.2016 SV Merseburg 99 - FC Carl Zeiss Jena II 2:2
10. Spieltag 29.10.2016 FC Carl Zeiss Jena II - VFC Plauen 1:2
11. Spieltag 04.11.2016 Germania Halberstadt - FC Carl Zeiss Jena II 0:1 gelbe Karte
12. Spieltag 19.11.2016 FC Carl Zeiss Jena II - SV SCHOTT Jena 3:0
13. Spieltag 26.11.2016 FC Carl Zeiss Jena II - SSV Markranstädt 4:0 gelbe Karte
14. Spieltag 03.12.2016 FC Carl Zeiss Jena II - Bischofswerdaer FV 2:2
17. Spieltag 25.02.2017 FC Carl Zeiss Jena II - FSV Barleben 7:0
19. Spieltag 11.03.2017 FC Carl Zeiss Jena II - Union Sandersdorf 2:3
18. Spieltag 26.03.2017 BSG Wismut Gera - FC Carl Zeiss Jena II 2:1
21. Spieltag 02.04.2017 FC Einheit Rudolstadt - FC Carl Zeiss Jena II 0:1
23. Spieltag 13.04.2017 BSG Chemie Leipzig - FC Carl Zeiss Jena II 1:1 gelbe Karte
25. Spieltag 28.04.2017 VFC Plauen - FC Carl Zeiss Jena II 0:0
26. Spieltag 06.05.2017 FC Carl Zeiss Jena II - Germania Halberstadt 0:4
27. Spieltag 12.05.2017 SV SCHOTT Jena - FC Carl Zeiss Jena II 1:2
28. Spieltag 21.05.2017 SSV Markranstädt - FC Carl Zeiss Jena II 0:6
30. Spieltag 03.06.2017 FC Carl Zeiss Jena II - VfL Halle 96 2:3