1. Spieltag 06.08.2016 FC Carl Zeiss Jena II - Inter Leipzig 0:4
2. Spieltag 13.08.2016 FSV Barleben - FC Carl Zeiss Jena II 1:2
3. Spieltag 26.08.2016 FC Carl Zeiss Jena II - BSG Wismut Gera 1:3
4. Spieltag 09.09.2016 Union Sandersdorf - FC Carl Zeiss Jena II 0:1
5. Spieltag 18.09.2016 Brandenburger SC Süd - FC Carl Zeiss Jena II 1:2
7. Spieltag 02.10.2016 Askania Bernburg - FC Carl Zeiss Jena II 2:2
9. Spieltag 23.10.2016 SV Merseburg 99 - FC Carl Zeiss Jena II 2:2
10. Spieltag 29.10.2016 FC Carl Zeiss Jena II - VFC Plauen 1:2
13. Spieltag 26.11.2016 FC Carl Zeiss Jena II - SSV Markranstädt 4:0
14. Spieltag 03.12.2016 FC Carl Zeiss Jena II - Bischofswerdaer FV 2:2
15. Spieltag 10.12.2016 VfL Halle 96 - FC Carl Zeiss Jena II 1:2 gelbe Karte
16. Spieltag 19.02.2017 Inter Leipzig - FC Carl Zeiss Jena II 0:0
19. Spieltag 11.03.2017 FC Carl Zeiss Jena II - Union Sandersdorf 2:3
20. Spieltag 19.03.2017 FC Carl Zeiss Jena II - Brandenburger SC Süd 5:2 Tor
22. Spieltag 08.04.2017 FC Carl Zeiss Jena II - Askania Bernburg 2:3
23. Spieltag 13.04.2017 BSG Chemie Leipzig - FC Carl Zeiss Jena II 1:1 gelbe Karte
24. Spieltag 22.04.2017 FC Carl Zeiss Jena II - SV Merseburg 99 4:5 gelbe Karte
25. Spieltag 28.04.2017 VFC Plauen - FC Carl Zeiss Jena II 0:0 gelbe Karte
26. Spieltag 06.05.2017 FC Carl Zeiss Jena II - Germania Halberstadt 0:4 gelbe Karte
28. Spieltag 21.05.2017 SSV Markranstädt - FC Carl Zeiss Jena II 0:6 Tor
29. Spieltag 29.05.2017 Bischofswerdaer FV - FC Carl Zeiss Jena II 3:0
30. Spieltag 03.06.2017 FC Carl Zeiss Jena II - VfL Halle 96 2:3