1. Spieltag 14.08.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Aktivist Brieske-Senftenberg 3:0
2. Spieltag 21.08.1988 Motor Schönebeck - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 5:1 gelbe Karte
3. Spieltag 24.08.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - ASG Vorwärts Stralsund 2:1
4. Spieltag 27.08.1988 BSG Stahl Hennigsdorf - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 3:1 Tor
5. Spieltag 03.09.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - KWO Berlin 1:1
6. Spieltag 17.09.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - FC Vorwärts Frankfurt/Oder 0:3
7. Spieltag 25.09.1988 BSG Motor Babelsberg - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:3
8. Spieltag 02.10.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BFC Dynamo II 0:0
9. Spieltag 15.10.1988 BSG Aktivist Schwarze Pumpe Hoyerswerda - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 3:2
10. Spieltag 23.10.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Lokomotive Stendal 1:1
11. Spieltag 05.11.1988 BSG KKW Greifswald - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 0:0
12. Spieltag 12.11.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Rotation Berlin 1:2
13. Spieltag 20.11.1988 BSG Post Neubrandenburg - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:0
14. Spieltag 26.11.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - SG Dynamo Schwerin 2:0 Tor
15. Spieltag 03.12.1988 Dynamo Fürstenwalde - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 2:2 Tor
16. Spieltag 06.12.1988 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - Motor Ludwigsfelde 5:0 Tor
17. Spieltag 17.12.1988 Stahl Eisenhüttenstadt - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 3:0
18. Spieltag 25.02.1989 BSG Aktivist Brieske-Senftenberg - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 0:2 Tor gelbe Karte
20. Spieltag 11.03.1989 ASG Vorwärts Stralsund - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:0
21. Spieltag 18.03.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Stahl Hennigsdorf 3:0
22. Spieltag 24.03.1989 KWO Berlin - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:1
23. Spieltag 05.04.1989 FC Vorwärts Frankfurt/Oder - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 0:1
24. Spieltag 08.04.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Motor Babelsberg 0:2
25. Spieltag 16.04.1989 BFC Dynamo II - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 3:0
26. Spieltag 22.04.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Aktivist Schwarze Pumpe Hoyerswerda 1:0
27. Spieltag 30.04.1989 BSG Lokomotive Stendal - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:2
28. Spieltag 03.05.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG KKW Greifswald 1:0
29. Spieltag 09.05.1989 BSG Rotation Berlin - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 3:0
30. Spieltag 13.05.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - BSG Post Neubrandenburg 3:1
31. Spieltag 21.05.1989 SG Dynamo Schwerin - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 0:0
32. Spieltag 28.05.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - Dynamo Fürstenwalde 3:2
33. Spieltag 31.05.1989 Motor Ludwigsfelde - BSG Schiffahrt/Hafen Rostock 1:0
34. Spieltag 04.06.1989 BSG Schiffahrt/Hafen Rostock - Stahl Eisenhüttenstadt 1:0