1. Spieltag 08.08.2009 VfB Lübeck - 1. FC Magdeburg 1:1
2. Spieltag 14.08.2009 1. FC Magdeburg - Hamburger SV II 0:0
4. Spieltag 29.08.2009 1. FC Magdeburg - Hansa Rostock II 2:2
5. Spieltag 02.09.2009 VFC Plauen - 1. FC Magdeburg 1:4 gelbe Karte
6. Spieltag 06.09.2009 1. FC Magdeburg - SV Wilhelmshaven 5:2
7. Spieltag 12.09.2009 SV Babelsberg 03 - 1. FC Magdeburg 3:2
8. Spieltag 19.09.2009 1. FC Magdeburg - Hannover 96 II 4:2 Tor
9. Spieltag 26.09.2009 Hallescher FC - 1. FC Magdeburg 1:1 gelbe Karte
10. Spieltag 04.10.2009 1. FC Magdeburg - Goslarer SC 2:1
11. Spieltag 16.10.2009 FC St. Pauli II - 1. FC Magdeburg 0:3
12. Spieltag 23.10.2009 1. FC Magdeburg - Hertha BSC II 3:0
13. Spieltag 01.11.2009 Chemnitzer FC - 1. FC Magdeburg 1:1
14. Spieltag 08.11.2009 1. FC Magdeburg - VfL Wolfsburg II 3:1
15. Spieltag 22.11.2009 FC Oberneuland - 1. FC Magdeburg 1:0
16. Spieltag 29.11.2009 1. FC Magdeburg - TeBe Berlin 7:0 gelbe Karte
17. Spieltag 06.12.2009 ZFC Meuselwitz - 1. FC Magdeburg 1:0
18. Spieltag 13.12.2009 1. FC Magdeburg - VfB Lübeck 1:0
20. Spieltag 14.02.2010 1. FC Magdeburg - Türkiyemspor Berlin 1:1
21. Spieltag 17.02.2010 Hansa Rostock II - 1. FC Magdeburg 1:0
22. Spieltag 23.02.2010 1. FC Magdeburg - VFC Plauen 0:1
24. Spieltag 14.03.2010 1. FC Magdeburg - SV Babelsberg 03 0:1
25. Spieltag 20.03.2010 Hannover 96 II - 1. FC Magdeburg 4:1
26. Spieltag 28.03.2010 1. FC Magdeburg - Hallescher FC 0:1
27. Spieltag 04.04.2010 Goslarer SC - 1. FC Magdeburg 1:1
28. Spieltag 11.04.2010 1. FC Magdeburg - FC St. Pauli II 1:0
29. Spieltag 18.04.2010 Hertha BSC II - 1. FC Magdeburg 3:0
30. Spieltag 25.04.2010 1. FC Magdeburg - Chemnitzer FC 1:0