1. Spieltag 06.08.2006 FC Carl Zeiss Jena II - VfB Pößneck 1:0
2. Spieltag 12.08.2006 VfB Auerbach - FC Carl Zeiss Jena II 0:0
3. Spieltag 20.08.2006 FC Carl Zeiss Jena II - VFC Plauen 1:1
4. Spieltag 26.08.2006 Chemnitzer FC - FC Carl Zeiss Jena II 2:1
5. Spieltag 09.09.2006 FSV Zwickau - FC Carl Zeiss Jena II 1:0
6. Spieltag 24.09.2006 Sachsen Leipzig - FC Carl Zeiss Jena II 2:1
7. Spieltag 30.09.2006 FC Carl Zeiss Jena II - FSV Budissa Bautzen 0:3
8. Spieltag 14.10.2006 Hallescher FC - FC Carl Zeiss Jena II 2:0
9. Spieltag 21.10.2006 FC Carl Zeiss Jena II - SV Dessau 05 1:0 gelbe Karte
10. Spieltag 28.10.2006 FV Dresden-Nord - FC Carl Zeiss Jena II 0:2 Tor
11. Spieltag 04.11.2006 FC Carl Zeiss Jena II - Germania Halberstadt 3:0
12. Spieltag 11.11.2006 FC Eilenburg - FC Carl Zeiss Jena II 1:0
13. Spieltag 18.11.2006 Rot-Weiß Erfurt II - FC Carl Zeiss Jena II 1:3
14. Spieltag 25.11.2006 FC Carl Zeiss Jena II - Energie Cottbus II 0:0
15. Spieltag 03.12.2006 ZFC Meuselwitz - FC Carl Zeiss Jena II 2:0
16. Spieltag 10.12.2006 VfB Pößneck - FC Carl Zeiss Jena II 0:0
17. Spieltag 24.02.2007 FC Carl Zeiss Jena II - VfB Auerbach 0:1 rote Karte
21. Spieltag 24.03.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Sachsen Leipzig 0:0
22. Spieltag 01.04.2007 FSV Budissa Bautzen - FC Carl Zeiss Jena II 3:0
19. Spieltag 07.04.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Chemnitzer FC 0:0
23. Spieltag 18.04.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Hallescher FC 0:1
24. Spieltag 22.04.2007 SV Dessau 05 - FC Carl Zeiss Jena II 0:1
25. Spieltag 28.04.2007 FC Carl Zeiss Jena II - FV Dresden-Nord 1:1
26. Spieltag 06.05.2007 Germania Halberstadt - FC Carl Zeiss Jena II 2:1 gelbe Karte
28. Spieltag 16.05.2007 FC Carl Zeiss Jena II - Rot-Weiß Erfurt II 2:2
29. Spieltag 20.05.2007 Energie Cottbus II - FC Carl Zeiss Jena II 3:2
30. Spieltag 27.05.2007 FC Carl Zeiss Jena II - ZFC Meuselwitz 2:2